Compensation financière
En contrepartie de ses activités, l'UE verse au Gabon une compensation financière sur des fonds publics. Selon le communiqué, celle-ci s'est élevée pour le dernier protocole (2013-2016) à 9,7 millions d'euros soit environ 6.363 milliards francs CFA. En détails, il s'agit d'une enveloppe de 1,35 million d'euros de la part de l'UE, des redevances à la charge des armateurs à raison de 65 euros par tonne capturée mais aussi des droits d'accès à raison de 13.750 euros par an pour les thoniers senneurs et les canneurs. Les fonds du côté gabonais sont entre autres destinés à «encourager la pêche durable dans le cadre de la politique nationale de la pêche mise en œuvre par le Gabon» et pour suivre par satellite des navires ainsi qu'effectuer des missions de contrôle et d'observation.
Notons que depuis l'expiration du dernier protocole le 23 juillet 2016, les négociations d'un nouveau protocole sont en cours. En conséquence, sauf dans la Zone économique, il n'y a pas d´activités de pêche dans les eaux gabonaises pour les navires européens.